Introduction

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OntoMarker


OntoMarker

OntoMarker – Knowledge Visualization in Biomedical Literatures.


啥麼是 Gene Ontology?

現今的生物學家們浪費了太多的時間和精力在搜尋生物資訊上,這是由於生物學上定義混亂的原因,不只是難以搜尋到這些隨時間和人為多重因素而隨機改變 的定義,即使是完全由人手動處理也無法完成。生物學家經過多年來的努力發現大部分的基因在不同真核生物是擁有共同的生物功能,也就是在某物種上所獲得到基 因或蛋白質的生物學知識,可以用來解釋其它物種所對應到基因或蛋白質,為了解釋真核生物的基因或蛋白質在細胞內所扮演的角色及生醫學方面的知識,Gene Ontology (GO) 則是為了能夠使對各種資料庫中基因產物功能描述相一致的努力結果。直到目前為止,在 Gene Ontology 下有六個主要的分支被建立,其中三個為主要的本體分支 biological process, molecular function 及 cellular component ,而另外三個為則是 obsolete component, obsolete function 與 obsolete process ,它們是用來記錄曾經被訂為 Gene Ontology Term ,但在新版的 Gene Ontology 中因為某些原因已經被廢棄(如:被認定為 Gene Product)。

本體論 內容
分子功能
(molecular function)
基因產物個體的功能
生物過程
(biological process)
分子功能的有序組合,達成更廣的生物功能
細胞組件
(cellular component)
亞細胞結構、位置和大分子復合物

Gene Ontology 除了在生物詞彙上有所標準定義外,各個本體以 DAG (Directed Acyclic Graph) 串接起來,然後再用 “top” 這個節點為根以樹狀分層來呈現這些本體間的關係,也就是一個基因或蛋白質可從三個層面來註解,也就是 molecular function, biological process 與 cellular component,最初的 Gene Ontology 便對幾個生物醫學資料庫,像是SGD, MGI, FlyBase, …等的基因與蛋白質,利用已知的文獻資料及序列比較資訊為基礎,將其基因與蛋白質作註解與分類。

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